冷門動畫有很多，最冷門的不好說，要么做的太差沒人看，要么題材太偏沒人看，還有年代久遠的趕不上好時候的，還有風格比較獨特的獨立動畫。比較難懂的意識流動畫也很冷門，比如《靈魂失格》，《山村怪伯伯》，《細細的綠線》等等。
謝謝邀請
作為一名專門看冷番的偽（gong）達(kou)人(zhai)來回答這個問題再適合不過了
1、《myself;yourself》一部包含：自殺未遂、姐弟私奔、黑化百合、校園凌霸、虐殺動物、殺妻自FEN的純愛片，沒錯就是披著獵奇外皮的純愛片。本來是為了宣傳gal做出來的廣告動漫，結果反響比原作還好，呵呵。
這部片子最NB的地方就是在短短12話里面涵蓋這么多狗血的元素，你看完居然還挺感動；而且支線這么多，居然沒有讓人感到主線劇情薄弱，這點比angelbeats不知道高到哪里去了。
另外畫風很棒，絕對不是06、07年左右的水準，女主很美，BGM小提琴音樂真是好聽。
2、《死后文》08年最讓我糾結的2部番之一，另外一部是《真實之淚》。我認為日本動漫里有兩種類型最容易出佳作、良作：黑暗系和治愈系，那么黑暗系和治愈系結合呢？
——那就是神作、準神作級別的片子了，當然黑暗治愈系的片子少之又少《死后文》可算其中之一。
3、《翼神傳說》RahXephon ラーゼフォン是骨頭社早期的代表作，骨頭社的作品都有一個宏大的背景或者說世界觀，此番的世界觀設定以及意識流的表達手法可以和EVA有一拼。當然這部作品極其燒腦，如果你只看一遍估計連誰是女一號都搞不清。
4、《絕對沖激》黑暗治愈+驚悚懸疑，一個6話的賣肉戰斗向OVA，這片子史詩級結局非常符合它的片名——絕對沖擊，不賣弄殺必死還真是個好片，結果搞得跟學園默示錄似的。人物原案是八寶備仁，但我怎么覺得像關口可奈味的人設。里面的主題曲《zero gravity》很燃。
5、《夏之嵐》這個我在另外一個問題里寫過如果讓你推薦一部動畫，你會選擇哪一部？ - 知乎
《夏之嵐》二戰、夏日、軍國主義、清純的女高、幽靈、女仆咖啡廳、時空悖論。。。怎么樣的一部作品能涵蓋以上這么多光怪陸離的元素。
夏之嵐——冷門中的冷門，被埋沒的佳作（個人覺得是新房昭之最被埋沒的作品）
我找到這部片子純屬巧合，當年我在ZERO動漫上找老番突然一部畫風清奇的作品引起了我的注意力，再定睛一看熱度居然只有700多（一般的比較冷的作品也要3000+的熱度）于是我就度娘了下這部動漫具體情況：
原作：小林盡，《校園迷糊大王》的作者監督：新房昭之（南澤十八），這位不用介紹了制作公司：SHAFT，做物語系列、小圓臉、最游記、ef - a、向陽素描、絕望先生的主要聲優：白石涼子、三瓶由布子、名冢佳織、野中藍、堀江由衣、生天目仁美等年代：第一季于2009年4月5日開始播放 。同年10月4日系列動畫的第2期《夏日風暴！～春夏冬中～》好了，軟硬件上目測都過得去。南澤十八的作品再怎么地也不至于太差，那就補唄。
看了之后。。。“臥槽好好看，臥槽好有趣，臥槽好內涵，臥槽好感動”。。。
要我評價的話是個意外地很好看而且很耐看，引人深思的作品。軍國主義的愚民思想教育加上女高中生的天真，突出了那個年代的日本人民的精神無知，戰爭只是一個謊言 并不會帶來更好的明天 得道多助失道寡助 當你作為寡助的一方 看著當年無知人民面臨戰爭災難的時候 會不會去痛恨當初下了決定戰爭的人呢？
被埋沒的主要原因是畫風實在是太復古了和那個《迷之彼女X》差不多。
6、《sola》這個片子嚴格上說不算太冷，但是有人連大劍和hellsing都推了，那sola肯定是冷到零下30度了。
這番是久彌直樹原創的作品，除了畫質渣（脖子以上部位崩得一塌糊涂），毀了七尾奈留的神人設之外幾乎無可挑剔。
女主四方茉莉是我的本命之一，也正是由于茉莉能登也成了我的本命聲優。
四方茉莉——二次元最美好的女孩。
7、《羊之歌》“我們不是狼，而是長著獠牙的羊。”講姐弟間第四類感情，姐控必看！
林原女王出演高貴優雅、成熟冷艷、熱情似火的小姐姐，不看不是人。
高城千砂——眼角下有兩顆淚痣的女子
8、《BLACK CAT》
可不是五更琉璃，原作是矢吹健太朗老濕的漫畫，矢吹老濕當年還沒有畫tolove的時候 還是很有節操的。
很贊的人設男主很帥（比斗神帥多了），精彩的打斗場面，后現代主義風格，sf，各方面都很不錯的作品值得一看。對了EVE是金色暗影的原型。
9、《蜂蜜與四葉草》這部也挺有名的，就是年代太久遠了，現在好多人可能沒有看過。
非常棒的作品，很適合快要大學畢業和剛剛畢業的社畜看。很真實很勵志充滿正能量的一部作品。有合法蘿莉、清純女大生、還有一位女神級別的未亡人小姐姐/癡漢臉。港真大原姐姐配的人妻、卡桑真的是太棒了。
原田理花，引用女主的一句話“那么美，卻又滿身都是傷痕”
10、《巷說百物語》小說挺有名，京極夏彥寫的百物語系列中的一部，動畫年代很早了。志怪類跟怪化貓、xxxholic類似的風格。
這里我想提一下女主阿銀的聲優——小林沙苗，真的是實力很強的聲優，現在估計很多人都不知道她了還有人以為她不紅，其實人家早就出名了，只是很可惜她也早就淡出CV界了。小林沙苗_百度百科
有人看我就再補幾部，爭取能湊夠20部~
11、《神無月的巫女》百合+巫女+高達+熱血戰斗+相愛相殺的超狗血組合，超虐、純虐、虐的人痛不欲生肝腸寸斷。我已經拿著個坑害過N個純情少年/少女了，每當有人求虐或者看clannad、air、未聞花名無感我就會推薦這部，幾乎屢試不爽。
這番在百合番里面很有名，在小圓臉之前一直霸占日本各大網站百合動漫排名第一位；在中國，被百合會評為“百合三神作”之一（另外2部是圣母在上和驚爆草莓）
女主姬宮千歌音“百合四女王”之一。自己看圖吧，我懶得打形容詞了，或者說我找不到形容詞來相容了。。。
我聽過最美的告白：
我喜歡你…… 我喜歡你的眼眸…… 我喜歡那有如春夜的銀河一般閃耀的眼眸…… 我喜歡那有如春日陽光般溫柔的眼神…… 我喜歡你的頭發…… 我喜歡那仿佛飄動于微風之中絲綢般的柔順長發…… 我喜歡你的嘴唇…… 我喜歡能給予甜蜜親吻…… 能發出撩人呻吟的嘴唇…… 我喜歡你的聲音…… 我喜歡清亮甜美能進入人心底的清澈聲音…… 我喜歡你的身體…… 我喜歡那觸之欲折的纖腰…… 仿佛不盈一握卻形狀秀美的胸部…… 我喜歡從重疊的肌膚之間你給我的溫暖…… 但是我最喜歡的是你的心靈…… 雖然脆弱而容易受傷…… 但是無論到那里都是純潔而美麗…… 不會隨意譴責別人…… 什么都能包容的……充滿溫柔的靈魂…… 我喜歡你…… 我太喜歡你了…… 我忍不住想得到你的一切…… 你以外的東西…… 我什么都不想要了…… 只想得到你…… 只有你我二人的永遠之夜 可是這個世界厚顏無恥的擋在我們面前所以要毀掉《神無月的巫女》—姬宮千歌音12、《真實之淚》PA處女作，著名黨爭動漫，被評為十大黨爭第五位，也是我的入坑作在我心中是校園純愛片的第一作。哪怕晚個3、4年出來絕對能引起轟動，只可惜當年追番的還是太少。
此番的最后3話真是驚心動魄、起伏跌宕、百轉回腸甚至不到最后一分鐘你都不知道鹿死誰手太TM刺激了。據說這個動畫結局是監督西村純二、系列構成岡田大媽、原案關口可奈味（此番還不是典型的關口臉）相互斗爭與妥協的結果（岡媽又想專治胃不疼，結果被正義的西村和關口壓制了233）
最后，養女黨頭頂青天！！！
13、《快要壞掉的八音盒》OVA作品，治愈系，讓人很想哭的作品，小花激萌！
14、《勿忘蛛》害人害人害人，寫上來造（bao）福(fu)人(she)類(hui)，叫你們喜歡人外~。只有25分鐘的OVA去掉op/ed也就20分鐘，但卻包含巨大能量。
作為鑒賞過blue系列和某輪舞曲，居然對此作接受不能。心里夠強大你就看吧反正就25分鐘。
15、《雙戀》、《雙戀A》我其實只想推雙戀A（全稱《雙戀Alternative》）的，這兩部片子劇情上沒任何關系，只是雙戀A借用了雙戀的人設。
《雙戀》是一部普通的后宮片，不看也罷。
《雙戀A》則是非常有爭議的SF+意識流+后現代主義文藝向作品，跟我上面提到的《black cat》有些類似。
據說當年型月就是看到了雙戀A才把《空之境界》交給UFO社做的，此后UFO一戰成名。
16、《FLCL》譯名《特別的她》，我也不知道怎么翻譯成這個名字。
這是我看過腦洞最大的片子，被稱為宅社（GAINAX）最高作。
以下來自百度：
《FLCL》（又譯：特別的她）是GAINAX聯合Production I.G于2000年推出的全6集OVA動畫，集結了當時宅社最精英的一批動畫制作人。包括《EVA》《藍寶石之謎》副監督鶴卷和哉，《天元突破》《斬服少女》監督今石洋之，《EVA》《蟲師》原畫平松禎史，《千與千尋》《創越時空的少女》美術背景小倉宏昌，《EVA》《穿越時空的少女》人設貞本義行，《少女革命》《飛躍巔峰2》劇本榎戸洋司，《EVA》系列原畫摩砂雪。音樂則請到了知名搖滾樂隊the Pillows，并為本作特意打造了三張完整專輯。如此閃亮的全明星創作陣容使得本作一直被譽為“宅社最高峰”，在歐美宅中擁有大批死忠粉絲。17、《伊里野的天空》又是個造福人類的片子，6集OVA。劇情我覺得和《最終兵器彼女》類似。也屬于很虐的片子，女主很萌、op《Forever Blue》超好聽
《伊里野的天空》是2005年02月發行，由小說全4卷改篇的OVA動畫，原作作者秋山瑞人也是憑借著這部作品一舉成名。講述暑假最后的那天夜晚，悄悄潛入學校泳池的淺羽直之與一位手腕上嵌有銀色球體不可思議的少女伊里野加奈相遇。《伊里野的天空、UFO的夏天》是電擊文庫發行的一部輕小說，作者為秋山瑞人，原作插畫由駒都英二擔任。目前已被改編為OVA、廣播劇及電子游戲作品。我不在乎這個世界，我只在乎你，拯救世界只是by the way
18、《仰望半月的夜空》原作小說挺有名的
《仰望半月的夜空》是由日本輕小說作家橋本紡著作，插畫家山本啟治負責插畫，電擊文庫出版的輕小說。其中第一至第六卷為本篇，第七及第八卷為番外短篇集，主系列已完結。本作在這本輕小說真厲害!評選中于2006年排名第10名、2007年第4名。動畫只做了6集的OVA我覺得挺遺憾的，真的是個非常干凈非常純粹的純愛作。比現在這些廢萌賣肉的樂色不知道高到哪里去了。
19、《The Soul Taker～魂狩～》此作可算新房昭之成名作，用了大量意識流手法，十分典型的新房風格，爭議也非常大。也許這部作品才是新房的完全體。早期新房還做過一個意識流動漫《柯賽特的肖像》口碑比魂狩好。
也正是這番做砸了，表番沒人找他做，才有了南澤十八233333333
另外小麥真的好萌~
PS：還有個叫《魂獸》的垃圾番不要把2個搞混了。
"/>35、《殺戮公主/虐殺姬》這番是不是百合我一直沒搞懂，也許跟《食靈零》一樣是百合擦邊球吧。。。反正一百合控說不是~
劇情鋪設的挺緊湊，燃點爆表，女主你可以看作是完全體的小忍，并且拿著妖刀心渡戰斗的樣子
喜好此類風格的可以去補番。而且畫風挺好的。
《巷說百物語》
動漫《巷說百物語》是根據日本同名推理小說創作而成，作者是日本作家京極夏彥。這個作者比較出名，而這一部是他百物語系列中的一部。
講的是一個為撰寫《百物語》而游歷諸國的隱居者,在一個雨夜因為自己的遲鈍邂逅了一個神秘的 "三人組":擅長騙術的御行師——又市先生;擅長操縱玩偶的傀儡師——阿銀小姐;擅長鳥寄的模仿師——長耳先生.至此,卷入了一系列詭異的事件之中,這些事件成就了他的《百物語》的素材。
作品中，作者本人親自幫“京極亭”此角色配音；前半段為沿襲原作的故事，后半段開始則帶有強烈的奇幻色彩。
怪化貓這部動漫以日本的一些比較出名的怪談為基礎來創作并且開展故事線，我當時看的時候是熬夜看完的，五個小故事很有意思，是由“座敷童子”、“海坊主”、“無言怪”、“鵺”、化貓”五個小故事組成。當時我的同學說畫風有點怪，但是我感覺是畫風緊緊地吸引著我。看起來有點像日本的浮世繪，色彩濃烈熱情。
但是一定要注意這是一部比較慢熱的一部，需要有點耐心，我突然想到了里面的座敷童子，在游戲里的座敷童子長個尖角，還算可愛，在這部動漫里，可以說是丑.....丑萌吧！
尸鬼這個是日本很出名的小說家小野不由美寫的同名小說改編成的動畫。故事比較吸引人，講的就是一個村快被滅了，主角們發現了這是村里新搬來的尸鬼折騰的，然后“九九八十一難”，主角村民雄起攆走尸鬼的故事。（該理解屬于我自己的感受）。
這個動漫我覺得，不是太重口的離遠點，這真的是一部“探討人性的動漫，什么肢解妻子，吸食朋友，汽車碾頭啥的！簡直不要太殘暴！
《hellsing》這部也叫《國力王教騎士團》，這個劇看著有點燒腦，不太適合小朋友們看，為什么這么說呢？因為這是一部反常理的番，它所表達的一些東西都是反向的，所引導的東西很容易讓小朋友走入誤區。
可是！我就是要說好看！反正我也不是小孩子啦～
這個作品真正的含義就是：所謂怪物，即是那些在現實里變得扭曲的人心，因為是心魔所以不死，只有人類才能殺死怪物，是因為能消滅心魔的，只有產生心魔的人類自己。
